R科研作图学习小组

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    真·科研狗 发布于:2018.04.07

    以“p53”为例

    library("httr")
    countData = data.frame(year=c(), count = c())
    url = "https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi"
    
    for(i in 1:10){
      year=2007+i
      term = paste('(p53[TI]) AND ',year,'[DP]',sep = "")
      r <- POST(url, 
                body = list(
                  db='pubmed',
                  term=term,
                  retmode='json',
                  retstart=0,
                  retmax=10,
                  rettype='uilist'
                )
      )
      
      stop_for_status(r) #清除http状态字符串
      data=content(r, "parsed", "application/json") 
      #data里面存储了所有数据
      esearchresult=data$esearchresult
      count = esearchresult$count
      countData = rbind(countData,data.frame(year=c(year),count=c(count)))
    }
    print(countData)
    
    library(ggplot2)
    ggplot(countData,aes(x=year,y=count))+geom_bar(aes(fill=year), stat="identity")+xlab("year")+ylab("count")


     2018.04.08修正参考代码:

    library("httr")
    
    yearData=c()
    countData=c()
    url = "https://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/esearch.fcgi"
    
    for(i in 1:10){
      year=2007+i
      term = paste('(p53[TI]) AND ',year,'[DP]',sep = "")
      r <- POST(url, 
                body = list(
                  db='pubmed',
                  term=term,
                  retmode='json',
                  retstart=0,
                  retmax=10,
                  rettype='uilist'
                )
      )
      
      stop_for_status(r) #清除http状态字符串
      data=content(r, "parsed", "application/json") 
      #data里面存储了所有数据
      esearchresult=data$esearchresult
      count = esearchresult$count
      yearData=c(yearData,year)
      countData=c(countData,count)
    }
    data=data.frame(year=yearData,count=countData)
    print(data)
    
    library(ggplot2)
    ggplot(data,aes(x=year,y=count))+geom_bar(aes(fill=year), stat="identity")+xlab("year")+ylab("count")


     
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