R科研作图学习小组

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  • R2-05-综合应用举例

    Adobe Freeman 发布于:2018.01.09
    library("ggplot2")
    R1_data <- read.csv(file = "/Users/Adobe/Desktop/D/R/phase2/R2-1/data/R2-1-1.csv",header = T)
    head(R1_data) #查看数据的前几列
    str(R1_data)
    R1_data <- na.omit(R1_data)
    p <- ggplot(R1_data,aes(x = A ,y = B ,color = SIZE)) +
      geom_line(shape = 2) +  
      labs(x = "A gene expression" ,y = "B gene expression",
           title = "R2-05",caption = "It's really my work ,see my name,hahahahah") +
      xlim(-2,3) +
      ylim(-1,3) 
    print(p)

    part2

    library(ggplot2)
    data<-ggplot(midwest,aes(x=area,y=poptotal))+
      geom_point(aes(col=state,size=popdensity))+
      geom_smooth(method='loess')+xlim(c(0,0.1))+ylim(c(0,500000))+
      labs(title="R2-05-Adobe")
    mytheme<- theme(panel.grid = element_blank(),
                    panel.background=element_blank(),
                    axis.text=element_blank(),
                    axis.ticks = element_blank()) +
                    theme(legend.position = "Right")
     data + mytheme

    part3

    library(reshape2)
    library(scales)
    library(plyr)
    library(ggplot2)
    data<-read.csv(file.choose())
    data2<-melt(data,id.vars=c("Name"))
    data3<-ddply(data2,.(variable), transform,label=rescale(value))
    ggplot(data3, aes(x=variable,y=Name)) + 
      geom_tile(aes(fill=label)) + 
      scale_fill_gradient(low = "pink", high = "red") + 
      xlab("Groups") +
      ggtitle("R2-05-Adobe")

    屏幕截图_2018-01-09_23_53_35.pngRplot02.pngRplot.png

     
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