R科研作图学习小组

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  • R2-01 第七次作业 火山图

    木萱小主 发布于:2017.12.18

    任务1

    R1<-ggplot(mtcars,aes(factor(cyl)))+geom_bar(aes(fill=factor(gear)))+labs(title="Here is title",subtitle="Here is subtitle",caption="R2-01",x="cyl")+scale_fill_discrete(name="gear")
    mytheme<-theme_classic()+theme(panel.background=element_rect(color='black'),panel.grid=element_blank(),legend.position = "none",plot.caption = element_text(face = "bold.italic"))
    R1+mytheme
    
    任务2
    用我能使用的方法来复制一下图片 为重现,将高亮的点数据单独保存为一个excel文件,并且计算log2转换后保存。因为数据较少,就不用公式计算。data2见附件
    其中CDC274即为PD-L1
    library('ggplot2')
    data<-read.csv(file.choose())
    data2<-read.csv(file.choose())
    mytheme<-theme_classic()+theme(panel.grid=element_blank(),legend.position = "none",plot.caption = element_text(face = "bold.italic"))
    R2<-ggplot(data,aes(log2(data$FC),(-1)*log2(data$q_value)))
    R2+mytheme+geom_point(color='grey')+xlim(-2.5,2.7)+ylim(-0.8,15)+geom_point(data=data2,aes(FC,Q,color=Gene.ID),size=4)+geom_vline(xintercept=0,linetype=2)+labs(title='CMTM6 sgRNA2 vs Control',caption='R2-01',x='log2(fold change)',y='-log2(Q value)')+annotate("segment",x=1,xend=2.5,y=-0.5,yend=-0.5,size=0.5,arrow=arrow(angle=18,ends="last",type="closed"))+annotate("segment",x=-1,xend=-2.5,y=-0.5,yend=-0.5,size=0.5,arrow=arrow(angle=18,ends="last",type="closed"))+annotate("text",x=1.7,y=0.3,label="upregulated",size=4)+annotate("text",x=-1.7,y=0.3,label="downregulated",size=4)+annotate("text",x=-1.64,y=9.96,label="CADM1",size=4)+annotate("text",x=-1.18,y=11.44,label="CMTM6",size=4)+annotate("text",x=-1.59,y=12.56,label="SCARF2",size=4)+annotate("text",x=-0.53,y=13.56,label="STXBP6",size=4)+annotate("text",x=-1.78,y=6.5,label="PD-L1",size=4)+annotate("text",x=1.25,y=10.32,label="GGT5",size=4)
    高亮点的颜色,也可以按照图片上更改,但是改了代码后不知道因为什么错误,我觉得可能是软件不稳定,就没再改动。每个点的legend可以做使用geom_text,但是有可能比较拥挤,我就自己定位了。

    1.jpg

    data22.jpg


     

     
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